De 1480 a 1834, la Inquisición española se situó bajo la autoridad del poder central; es lo que la distingue de formas de intolerancia que se encuentran en otros países en la misma época. En otros lugares, el poder civil prestó su ayuda al poder espiritual para castigar los ataques contra la religión y cumplió esta tarea con celo; se convirtió, en realidad, en el brazo secular de la Iglesia. En España, el poder civil no se contentó con secundar la Iglesia; tomó la iniciativa de la represión, nombró a los agentes encargados de llevarla a cabo y les dio un estatuto privilegiado. El Consejo de la Inquisición es uno de los grandes cuerpos del Estado con el mismo grado que, por ejemplo, el Consejo de Hacienda o el Consejo de Indias.